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是提取特定环境（土壤、水体、肠道等）中微生物菌落总的DNA，使用ONT三代测序技术得到这些DNA的完整序列，通过生物信息分析研究环境微生物的物种分布、群落结构及基因功能和代谢网络的技术。可识别更多耐药基因、多重耐药基因，可组装得到一些细菌的完成图。
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