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基因组反映什么可以发生，转录组反映事件即将发生，蛋白组反映什么正在发生，代谢组反映事件已经发生。从转录组到蛋白组再到代谢组，从核酸，蛋白质和内源性小分子三个层面系统反映生命体的状态，通过不同的处理样品间的比较，系统阐述拟解决的科学问题。
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